Tek Hücre ve Uzamsal Boyutta Canlılık
Etkinlik Bilgileri
- Mekân Bilimler Köyü
- Son Kayıt Tarihi 30 Nisan 2026
- Geliş Tarihi 09 Ağustos 2026
- Başlangıç Tarihi 10 Ağustos 2026
- Bitiş Tarihi 16 Ağustos 2026
- Kontenjan 20 kişi
- Kimlere? Herkes
- Etkinlik Ücreti 12.500 TL
Etkinlik Amacı
Bu atölye, biyolojide tek hücre ve uzamsal ölçeklerdeki yaşamın derinlemesine anlaşılmasını sağlamak için tasarlanmıştır. Katılımcılar, merkezi dogma, veri işleme, entegrasyon, hücre tipi isimlendirilmesi, gen düzenleyici ağlar ve hücreler arası iletişim gibi temel konuları keşfedecekler. Ayrıca, uzamsal transkriptomik ve uzamsal veri analizi gibi ileri düzey yöntemlere giriş yapılacak. Çalıştay, teorik bilgilerin yanı sıra pratik uygulamalara da odaklanarak, Conda ortamı kurulumu ve AnnData formatıyla çalışma gibi teknik becerilerin geliştirilmesine imkan tanıyacaktır. Kurs projeleri aracılığıyla, ekip çalışması ve hipotez geliştirme becerileri desteklenecek ve gerçek biyolojik problemlere çözümler üretilecektir.
Ek Bilgi
Genetik veri analizi öğrenmek isteyen herkes katılabilir.
Opsiyonel okumalar:
- Uzamsal transkriptomik hakkında : www.doi.org/10.1002/1878-0261.70100
- İstatistik (Bölüm 2.9, 3, 6, 7) : www.kisa.link/xAinl
- EnrichMap : www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.05.30.656960v1.abstract
Etkinlik Takvimi
| Gün | İçerik |
|---|---|
| 1. Gün |
Sabah • Farklı ölçeklerde hayat • Biyolojide bilgi akışı: santral dogma Öğleden Sonra • Conda ortamının kurulumu ve Python araçları • Visual Studio Code ve Jupiter not defterleri • AnnData formatına giriş |
| 2. Gün |
Sabah • Örnek olay çalışması: Meme kanserinde Epitel-Mezenkimal geçiş • Kurs projesi: Takımların oluşturulması ve hipotezlerin belirlenmesi Öğleden Sonra • Veri ön işleme • Entegrasyon ve parti (batch) düzeltme • Hücre tipi isimlendirmesi |
| 3. Gün |
Sabah • İçsel ve dışsal bilgilerin çıkarımı • Kopya numarası değişiklikleri • Gen düzenleyici ağlar • Hücreler arası iletişim Öğleden Sonra • Kopya numarası değişikliklerinin çıkarımı • Transkripsiyon faktörleri • Ligand-reseptör çiftleri |
| 4. Gün |
TATİL |
| 5. Gün |
Sabah • İki boyutta hayat • Uzamsal transkriptomik Öğleden Sonra • Uzamsal veri işleme • Spot isimlendirilmesi • Komşulukların bulunması: SpottedPy • Uzamsal hücreler arası iletişim |
| 6. Gün |
Kurs projesi sunumları |
| 7. Gün |
Kapanış konuşması Katılımcılardan geri bildirim |