Atomlardan proteinlere: Yapısal Biyoloji ve Yapısal Taklit
Etkinlik Bilgileri
- Mekân Bilimler Köyü
- Son Kayıt Tarihi 19 Temmuz 2025
- Geliş Tarihi 20 Temmuz 2025
- Başlangıç Tarihi 21 Temmuz 2025
- Bitiş Tarihi 27 Temmuz 2025
- Kontenjan 20 kişi
- Kimlere? Lisans ve Lisansüstü Öğrencileri
- Etkinlik Ücreti 9.000 TL
Etkinlik Amacı
Amino asitler nasıl bir araya geliyor, 3 boyutlu yapı nasıl oluşuyor? Protein yapılarını çözmek, incelemek ve karmaşık protein etkileşimlerini anlamak için hangi teknikleri kullanıyoruz? Etkinlikte bu sorulara cevap ararken, teorik ve pratik oturumlar aracılığıyla protein yapılarını ve etkileşimlerini inceleyeceğiz. Pratik derslerle veritabanı kullanımı (NCBI BLAST, Expasy), protein görselleştirme (PDB, Chimera X), yapı modelleme (AlphaFold), protein etkileşimleri (PISA) ve moleküler kenetleme (HADDOCK, SWISSDOCK) konularını işleyeceğiz.
Ek Bilgi
Katılımcıların yanlarında laptop getirmesi önerilir.
Etkinlik öncesi bilgisayarlarına aşağıdaki programları yüklemeleri gerekmektedir
--Chimera X www.cgl.ucsf.edu/chimerax/
--Pymol www.pymol.org/edu/
Web sayfaları
-- PDB; www.rcsb.org/
-- NCBI; www.ncbi.nlm.nih.gov/
-- Expasy; www.expasy.org
-- BLAST: www.blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
-- AlphaFold www.alphafold.ebi.ac.uk/
-- HADDOCK (hesap oluşturunuz) www.wenmr.science.uu.nl/
-- SWISSDOCK www.swissdock.ch/
-- PISA www.ebi.ac.uk/pdbe/pisa/
Etkinlik Takvimi
| Gün | İçerik |
|---|---|
| 1. Gün |
Teorik dersler : Atomların mimarisi: Protein yapısı Pratik dersler: Veritabanları kullanımı; NCBI BLAST, Expasy, Virulence Factor Database, Antimicrobial Peptide Database |
| 2. Gün |
Teorik dersler: Atomları görmek: Yapısal Biyoloji teknikleri; deneysel, yapay zeka ve ötesi Pratik dersler: PDB ve Chimera X kullanımı |
| 3. Gün |
Teorik dersler Mikrobiyal proteinler ve yapısal taklit Pratik dersler: Protein yapı modelleme AlphaFold, seçili virülans faktör ile yapı modelleme |
| 4. Gün |
TATİL |
| 5. Gün |
Teorik dersler Protein etkileşimleri, docking, moleküler dinamik ve simülasyonları Pratik dersler: Moleküler kenetleme (HADDOCK, SWISSDOCK ) |
| 6. Gün |
Teorik dersler: Haftanın Özeti ve Sunum hazırlama Pratik dersler: Öğrenci sunumları |
| 7. Gün |
Kariyer söyleşisi: Kariyer yolculuğumuz ve soru- cevap |